Jest jednym z wiodących aktorów swojego pokolenia, wymieniany wśród najwybitniejszych. Lodowaty uśmiech i "trupia uroda" to jego znak rozpoznawczy. Utożsamiany z rolami negatywnych, charyzmatycznych postaci.
Urodził się w miejscowości Christopher w stanie Illinois, jest synem Chorwata Daniela Malkovicha i Joe Anne, właścicielki gazety "Benton Evening News". Jego rodzina słynęła z działalności na rzecz ochrony środowiska. W średniej szkole był gwiazdą atletyki. Przeniósł się z Uniwersytetu Stanowego Illinois na Uniwersytet Wschodni w Illinois, ale zainteresowanie ekologią przeminęło, kiedy priorytetem dla Johna stał się teatr. Krótko po opuszczeniu college'u Malkovich imał się różnych zajęć, żeby związać koniec z końcem: był szkolnym kierowcą autobusu, malarzem, projektantem krajobrazu. W 1976 roku stał się członkiem Steppenwolf Theatre Company w Chicago. Przeniósł się do Nowego Jorku w 1983 roku i zagrał w sztuce "True West". Wystąpił na Broadwayu z
Dustinem Hoffmanem w "
Śmieci sprzedawcy". Za tę rolę otrzymał nagrodę Emmy, kiedy sztukę przeniesiono na ekrany telewizji.
Jego debiut filmowy to "
Places in the Heart", za który otrzymał nominację do Oscara. Sławę zdobył w 1988 roku. Zagrał Valmonta w "
Niebezpiecznych związkach". W 1994 roku został po raz kolejny nominowany do Oscara - za rolę w filmie "
Na linii ognia". Malkovich zagrał także Cyrusa "Virusa" Grissoma w filmie "
Con Air" u boku
Nicholasa Cage'a. Pojawił się w filmie "
Być jak John Malkovich" - swobodnej, trochę ironicznej wariacji na swój temat. "
The Dancer Upstairs" - jego reżyserski debiut, powstał w 2002 roku.
Można go zobaczyć również w filmie "
Art School Confidential", gdzie gra pompatycznego profesora sztuki.
John Malkovich interesuje się projektowaniem i sprzedażą odzieży, stworzył własny styl ubrań. Do historii kina przejdzie jako odtwórca ról dziwaków, psychopatów, cynicznych manipulatorów i ludzi ogarniętych szaleństwem.